Dictamen N° 336

Texto del dictamen

N° D336                         Fecha: 19-06-2026

I. Antecedentes

El Ministerio de Obras Públicas, la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo, la Municipalidad de Los Sauces, la Municipalidad de María Elena y el Hospital El Pino solicita un pronunciamiento sobre el proceder administrativo, financiero y contable que corresponde aplicar con motivo del rechazo o invalidación de licencias médicas que, habiendo sido autorizadas inicialmente, posteriormente son redictaminadas por las entidades competentes, principalmente, por configurarse causales de incumplimiento del reposo prescrito, a raíz de la realización de viajes o permanencias en el extranjero durante su vigencia por parte de funcionarios y ex funcionarios.

Exponen esas reparticiones públicas que, una vez afinado el proceso respectivo y confirmados los rechazos por la pertinente Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN), las instituciones de salud previsional (ISAPRE) han requerido la restitución de los montos pagados por concepto del equivalente al subsidio por incapacidad laboral (SIL) previsto en el artículo 12 de la ley N° 18.196, añadiendo que, en algunos casos, esas entidades privadas han intentado efectuar imputaciones o compensaciones unilaterales sobre otros pagos que debían realizar a los servicios públicos, incluso respecto de reembolsos asociados a licencias médicas distintas y no objetadas.

A su vez, la Dirección de Presupuestos consulta sobre a qué organismo público le corresponde efectuar dichas devoluciones, en el caso de que tales caudales los hubiere reintegrado a la Tesorería General de la República, conforme a la normativa aplicable.

Por su parte, en presentaciones separadas, las ISAPRES Cruz Blanca S.A., Colmena Golden Cross S.A. y Nueva Masvida S.A, solicitan reconsiderar el criterio contenido en el dictamen N° 34.105, de 2010, planteando la procedencia de compensar obligaciones recíprocas derivadas del sistema de seguridad social entre dichas entidades y los empleadores del sector público.

Requerido su informe, la Superintendencia de Seguridad Social señaló, en su oficio ORD. O-01-S-03983-2025, de 2025, que, por las razones y argumentos que detalla, las licencias médicas autorizadas que son redictaminadas -con su rechazo o reducción-, solo deben ser cobradas a las entidades empleadoras una vez que la COMPIN ratifique tal decisión, o bien, si transcurrió el plazo de reclamo sin que este se hubiere deducido. Agrega, que las entidades pagadoras del SIL no pueden compensar las deudas sostenidas con los empleadores del sector público que no tengan legalmente esa facultad, por lo que no se puede tener por cumplida la obligación de las ISAPRES de pagar el respectivo reembolso, junto con los intereses moratorios y reajustes legales.

Lo anterior, sin perjuicio de que la misma superintendencia, con posterioridad, y mediante oficio ORD. O 01 S 00932 2026, de 2026, solicitó a esta Contraloría General reconsiderar el señalado criterio contenido en el dictamen N° 34.105, de 2010, en cuanto impide la compensación de deudas entre los organismos empleadores del sector público y las entidades pagadoras del subsidio por incapacidad laboral, fundando su petición principalmente en consideraciones de carácter práctico y operativo, vinculadas a la eficiencia y eficacia administrativa en el contexto de procesos masivos de rechazo de licencias médicas previamente autorizadas.

Cabe agregar que, en presentación separada, dicha superintendencia informó que la Defensoría Penal Pública le efectuó la misma consulta en estudio.

Por su parte, la Superintendencia de Salud expone que, conforme al marco normativo vigente que regula a las ISAPRES, el derecho del empleador a percibir el equivalente al SIL previsto en el artículo 12 de la ley N° 18.196, no se encuentra sujeto a mecanismos de compensación, sin perjuicio de lo cual ha advertido que algunas de esas entidades privadas han recurrido a esa figura, por lo que está evaluando la adopción de las medidas que resulten procedentes, conforme a sus atribuciones legales.

II. Fundamento jurídico

Sobre la materia, cabe recordar que los artículos 111 de la ley N° 18.834, sobre Estatuto Administrativo, y 110 de la ley N° 18.883, sobre Estatuto Administrativo para Funcionarios Municipales, disponen que, durante la vigencia de una licencia médica, el funcionario continuará gozando del total de sus remuneraciones.

Igual derecho se contempla en los artículos 36 bis de la ley N° 19.070, Estatuto de los Profesionales de la Educación, respecto de los profesionales de la educación; 19 de la ley N° 19.378, que establece el Estatuto de Atención Primaria de Salud Municipal, en favor del personal regido por dicho cuerpo normativo, y 4° de la ley N° 19.464, respecto de los asistentes de la educación que detalla.

Ello no implica que el empleador deba soportar todo el costo de las remuneraciones pagadas durante una licencia, por cuanto el artículo 12 de la ley N° 18.196 dispone que el Fondo Nacional de Salud o la ISAPRE respectiva deben pagar al organismo empleador una suma equivalente al mínimo del subsidio por incapacidad laboral que le habría correspondido al trabajador de haber estado afecto al decreto con fuerza de ley N° 44, de 1978, derecho del empleador que, acorde, entre otros, al dictamen N° 34.105, de 2010, se ha calificado como un crédito de carácter fiscal.

Por su parte, el decreto N° 3, de 1984, del Ministerio de Salud, regula el procedimiento de autorización, rechazo e invalidación de licencias médicas, estableciendo, en su artículo 55, las causales que habilitan tales rechazos y, en su artículo 63, la obligación del trabajador de reintegrar las remuneraciones o subsidios indebidamente percibidos como consecuencia de una licencia médica no autorizada, rechazada o invalidada, una vez afinado el proceso que determinó dicho rechazo, así como el deber del empleador de adoptar las medidas conducentes al inmediato reintegro de tales sumas por parte del trabajador.

En relación con la oportunidad a partir de la cual resultan exigibles los reintegros y descuentos, el dictamen N° 56.059, de 2016, concluyó que esas medidas solo pueden hacerse efectivas cuando el rechazo o reducción de la licencia médica se encuentra firme, esto es, ratificada la decisión por la pertinente COMPIN o vencidos los plazos de reclamación.

Por último, en cuanto a la compensación, la jurisprudencia administrativa contenida, entre otros, en los dictámenes N° 18.110 y 34.105, ambos de 2010, ha manifestado que constituye un modo excepcional de extinguir obligaciones en el derecho público, procedente solo cuando existe una habilitación legal expresa. Así, el derecho de un órgano público de exigir el pago de una prestación pecuniaria a una ISAPRE no puede ser compensado con las sumas que aquel le deba a esta, pues ello implica afectar la prerrogativa de las reparticiones públicas para percibir el monto indicado, conforme al citado artículo 12 de la ley N° 18.196.

En otro orden de ideas, cabe tener presente que los recursos percibidos por los servicios públicos desde las ISAPRES han debido ser ingresados a rentas generales de la Nación, en consideración a lo establecido en las leyes de presupuestos de cada año, a partir de la incorporación del artículo 22 de la ley N° 21.289, de Presupuestos del Sector Público del año 2021.

Finalmente, es del caso precisar que conforme al artículo 110 del decreto con fuerza de ley N° 1, de 2005, del Ministerio de Salud, corresponde a la Superintendencia de Salud ejercer potestades normativas, fiscalizadoras e instructoras respecto de las instituciones de salud previsional.

III. Análisis y conclusión

Como puede advertirse, una vez que se encuentra firme o afinado el proceso que determinó el rechazo o reducción de la licencia médica -sea en un primer pronunciamiento o a través de un redictamen-, y su confirmación por parte de la COMPIN, o por el vencimiento de los plazos de reclamación, se configura la obligación del trabajador de restituir los montos percibidos por tal concepto y, consecuentemente, el deber del empleador de adoptar las medidas conducentes a su inmediato reintegro, por cuanto las remuneraciones pagadas en ese contexto pasan a tener el carácter de beneficios indebidamente percibidos.

En efecto, de acuerdo con lo precisado en el instructivo contenido en el dictamen N° E489303, de 2024, la percepción indebida de beneficios pecuniarios por parte de un funcionario importa un perjuicio al patrimonio público, lo que genera en el funcionario o exfuncionario la obligación de restituir íntegramente las sumas indebidamente percibidas, pudiendo materializarse mediante descuentos sobre sus remuneraciones, desahucios o pensiones, dentro de los límites legales.

Asimismo, tratándose de servidores que han cesado en sus funciones, debe precisarse que la obligación de restitución subsiste, procediendo que el servicio registre la deuda correspondiente y ejerza las acciones judiciales que correspondan -v.gr. un juicio ordinario de cobro de pesos-, como se ha indicado en los dictámenes N°s. 43.077, de 2007 y 56.402, de 2009.

Luego, en cuanto a la consulta sobre la relación entre la restitución de las remuneraciones que debe solicitarse a los funcionarios y los procesos disciplinarios abiertos con ocasión de las causas que provocaron la redictaminación de las licencias médicas, se debe precisar que la obligación de restituir beneficios pecuniarios indebidamente percibidos constituye una consecuencia patrimonial que deriva directamente de las normas que regulan el rechazo de tales licencias, sin que ello se encuentre supeditado a la tramitación ni al resultado de eventuales procedimientos sumariales, los que persiguen un fin diverso, esto es, la determinación de responsabilidades administrativas.

A continuación, en torno a la compensación unilateral que habría tenido lugar, de facto, en la materia, es pertinente recordar que el derecho establecido en el citado artículo 12 de la ley N° 18.196, que pertenece a un órgano público respecto de una ISAPRE, no puede ser compensado con las sumas que aquel deba a esta, pues ello implica afectar la prerrogativa de las reparticiones públicas para percibir el monto indicado, lo que no resulta procedente, siendo además necesaria una norma expresa que habilite a los servicios para compensar.

Por ello, no corresponde reconocer como válidas las compensaciones o imputaciones efectuadas unilateralmente por terceros respecto de dichos montos, debiendo los servicios abstenerse de aceptar o convalidar tales prácticas y adoptar las medidas necesarias para que las restituciones que correspondan se materialicen conforme a los procedimientos legalmente establecidos.

Asimismo, en el evento que los organismos públicos detecten prácticas que se aparten del régimen aplicable, deberán poner los antecedentes en conocimiento de la Superintendencia de Salud, a fin de que esta ejerza las atribuciones fiscalizadoras que la ley le confiere.

Ahora bien, en cuanto al registro contable de las restituciones que, a consecuencia de lo anterior, deban efectuar los organismos públicos a las ISAPRES, este se debe realizar cargando la cuenta 56101 Devoluciones, y abonando el concepto 21526 Cuentas por Pagar-Otros Gastos Corrientes, para luego realizar el pago con abono en la cuenta 11102 Banco Estado o 11103 Bancos del Sistema Financiero, según corresponda.

A su vez, los servicios públicos deberán constituir como deudor al funcionario o exfuncionario por licencias médicas redictaminadas, cuando corresponda, en la cuenta 12101 Deudores, mientras que la recuperación de los recursos se deberá realizar con efecto en la cuenta 11508 Cuentas por Cobrar-Otros Ingresos Corrientes.

Por otra parte, respecto de los recursos percibidos por los servicios públicos desde las ISAPRES y que fueron enterados por estos al Tesoro Público, en aplicación de lo establecido en las leyes de presupuestos vigentes desde el año 2021, corresponde que sean dichos servicios los que, en su calidad de empleadores, adopten las medidas conducentes al inmediato reintegro de parte de los funcionarios o exfuncionarios de los montos percibidos por concepto de las licencias en estudio.

Finalmente, en cuanto a las solicitudes de reconsideración del dictamen N° 34.105, de 2010 -que impide la mencionada compensación-, formuladas por la Superintendencia de Seguridad Social y por las ISAPRES Cruz Blanca S.A., Colmena Golden Cross S.A. y Nueva Masvida S.A, cabe indicar que los argumentos en los que se sustenta dicha petición se apoyan en consideraciones de carácter práctico y operativo en torno a la gestión de procesos masivos de cobranza, derivada del rechazo de licencias médicas, sin que resulten suficientes para alterar lo concluido en dicho pronunciamiento, que manifestó que, en el ámbito del derecho público, esa figura constituye un modo excepcional de extinguir obligaciones y requiere de una habilitación legal expresa -inexistente en la especie-, por lo que no cabe acceder a la referida solicitud.

Saluda atentamente a Ud.,


VÍCTOR HUGO MERINO ROJAS
Contralor General de la República (S)