Por resolución exenta de Educación Nº 4.398 de 5 de abril del año 2001, se ha aprobado al Colegio San Ignacio de la Compañía de Jesús, Comuna de Santiago, Región Metropolitana, el siguiente plan de estudio para 3º año de Enseñanza Media, el que se aplicará a partir del año escolar 2001. Además, se aprueban programas de estudio de los Subsectores que se indican a continuación, para el Plan de Formación Diferenciada:
- Lenguaje y Comunicación : "Del héroe clásico al héroe mutante".
- Historia y Ciencias Sociales : "Análisis de las crisis históricas de Occidente: Antigüedad y Edad Media".
- Filosofía y Psicología : "Característica y Problemas del Conocer".
- Artes Visuales : "Moral de la Vida". "Arte y Cultura".